Bu arada Rum piskoposlar Bulgar ruhban sınıfı ve öğretmenlerine işkence etmeye devam ettikleri gibi, zaman zaman Bulgarlardan kendi okul, yetimhane, hastahane, dernek ve hatta gazetelerinin masraflarını karşılamak için Osmanlı Devleti'nin koyduğu vergilerden fazla vergi topladıkları da oluyordu. Ayrıca Filibe, Triavna, Drianovo, Dolna ve Gorna Oryahovitsa, Haskovo, Silistre Samakov, Sofya, Sliven, Üsküp Edirne, Lofça, Vraça ve diğer kentlerde Rum piskoposların kötü davranışları son derece artmıştı. Özellikle Tırnovo Piskoposu Neofit çok kötü davranmaktaydı. Bu arada İlarion da Tornovo'dan Neofit'in yanında metropolit vekili olarak bütün bunların tanığı oldu ve Tırnovolu gençlerle birlikte Neofit'e karşı bir tutum izledi. Bu arada 18 Şubat 1856'da ilan edilen Islahat Fermanı ile Bulgarlar için yeni bir ümit doğdu.
Bu fermana göre, reayanın dini özgürlüğü tanınmakta ve kilise gelirleri de prensip olarak ortadan kalkmaktaydı. Bu hatt-ı hümayuna dayanarak Babıali'ye ilk şikayette bulunanlar Tırnovolular oldu. Tırnovolu tüccarlardan Hacı Nikola Minçoğlu (Minçev), Metropolit Neofit'e karşı gençleri kendi çevresinde topladı. Bunun üzerine ise eskilerin tarafını tuttular. Tırnovolu Türkler de bu anlaşmazlığa katıldılar. İşler daha da karışınca Hacı Nikola Minçoğlu Babıali'ye şikayet etmek için İstanbul'a geldi ve mücadeleye İstanbul'da katıldı. Mücadele gittikçe hızlandı. İşlerin düzelmesi için 15 Ağustos 1856'da Tırnovo'ya yeni kaymakam Aşir Bey, Vidin Valisi Muammer Paşa ve Rusçuk komutanı Nusret Bey gönderildi. Tırnovo Valisi Galib Paşa, görevden alındıysa da durum yatışacağına daha da karıştı. Neofit yanlıları da gençlerin tutumunu Patrikhaneye şikayet etmek için İstanbul'a bir heyet yolladılar. Bunu öğrenenler gençlerin partisinde toplandılar ve 15 Aralık 1856'da verdikleri karar gereğince kendiler de Padişah nezdinde şikayette bulunmak üzere bir heyet kurarak İstanbul'a hareket ettiler. Bunun üzerine Ocak 1857'de Babıali, Vidin Valisi Muammer Paşa'yı tekrar Tırnovo'ya yolladı.
Ancak Neofit'in entrikaları yüzünden bu kez de durum yine Bulgarlar aleyhine döndü. Bu arada artık İstanbul'a yerleşmiş olan Hacı Nikolo Minçoğlu ve arkadaşları, Babıali'den Tırnovo'ya Muhsin Efendi adlı gizli bir komiserin gönderilmesini sağladılar. Muhlis Efendi, durumu olduğu gibi tespit ederek Babıali'ye bildirdi. Bunun üzerine Babıali tarafından Muammer Paşa'nın Vidin'e, Metropolit Neofit'in ise İstanbul'a dönmesi emredildi. Neofit'in Tırnovo'dan ayrılması üzerine partisi zayıfladıysa da iki partı arasındaki mücadele İstanbul'da da devam etti. Babıali bunun üzerine Midhat Paşa'yı Tırnovo'ya gönderdi. Midhat Paşa, olaylarla ilgili bilgi alıp Babıali'ye bildirdi. Ortalık bir süre sakinleştiyse de, Neofit'in çabalarıyla tekrar karıştı. Her ne kadar Fahreddin Efendi adlı yeni komiser Tırnovo'ya gönderildiyse de, çevrilen entrikalar sonucu Neofit eldeki bütün verilere rağmen Babıali tarafından suçsuz bulundu. Ancak Babıali, Tırnovo'daki Bulgar halkı da memnun etmek amacıyla Patrikhane, onu görevinden alarak Selanik Metropolitliğine atadı. Neofit, İstanbul'da bulunduğu sıralarda Protosingelos vekili İlarion Makariopolski aleyhinde faaliyete geçerek kendisini Patrikhane'de hapsettirmeyi ve bir hafta sonra da Aynaroz'a Hilendar Manastırı'na gönderilmesini sağlamıştı. 1857 Mayısının sonuna kadar orada kalan İlarion, Aynaroz kiliseleri yöneticisi olarak tekrar İstanbul'a döndü.
Berlin Antlaşması'nın (13.7,1878) 1. maddesi gereğince Bulgaristan, Osmanlı Devleti'nin egemenliği altında, özerk ve Tribüter bir prenslik durumuna girmişti. Bulgaristan'ın geçici yönetimi hakkındaki anlaşmanın 6. maddesinde ise ülke yönetim tüzüğüne ek olarak, idarî organlara bir Rus komiseri de atanmıştı. Osmanlı Devleti'nin atadığı Osmanlı komiseri ve anlaşmaları imzalamış olan diğer devletlerin atayacakları konsoloslar bu Rus komiserine, geçici hükümetin hareketlerini denetleyerek yardımda bulunacaklardı.Geçici hükümetin dokuz aylık süresi sona erince, Aleksandr Battenberg Bulgaristan prensi olarak atandı. Osmanlı egemenliği altında ilk Bulgar hükümetinin oluşması için, Berlin Antlaşması'nın 12. maddesi içinde, vakıf idaresince bir de Osmanlı komiseri atandı. Komiserlik görevini gören Nihad Paşa, aynı zamandı Osmanlı Devleti'nin diplomatik temsilcisi idi. Başka devletlerin diplomatik temsilcileri, diplomatik ajan ve başkonsolos ünvanını taşıdığı halde, Osmanlı temsilcileri komiser ünvanını taşımaktaydılar. Böylece gerek Nihad Paşa, gerekse halefleri Bulgaristan bağımsızlığına kavuşuncaya kadar Vakıf Komiseri adını kullandılar.
19.7.1879 tarih ve 19 sayılı fermanla İstanbul'da bir Bulgar temsilciliğinin kurulmasına izin verilip aynı yılın Ağustos ayında 114 sayılı fermanla İstanbul'a diplomatik temsilci olarak Dragan Tsankov atandı. Ancak Bulgaristan ile Osmanlı İmparatorluğu arasında diplomatik temsilcilerin değişimi yapılmışsa da Osmanlı komiserinin, prenslikteki diplomatik bünye içindeki durumu ile İstanbul'daki Bulgar diplomatik temsilci ajanının durumu ve Bulgar temsilcilerinin akredite oldukları başka yabancı ülkelerindeki durumları sorunu açık bırakılmıştı. Bulgaristan'da padişahın rüsum ve vergilerini toplamakla görevli Osmanlı komiserleri, resmi seremonilerde kordiplomatik arasında değil, prenslik bakanları arasında yer almakta ısrar ediyorlardı. Ancak Bulgar hükümeti bu tür ayrıcalıkları kabul etmiyordu.
1897 yılında Ruhi Bey, daha sonra Necib Efendi ve Faruk Bey vb, komiser olarak atanınca, kendilerine izin verilmeyeceğini bile bile, bu ayrıcalık üzerinde ısrar etmeğe başladılar.
1908'de Sofya'da Osmanlı komiseri olarak Kazım Bey atandı. Bulgar dışişleri bakanı Paprikov, kendisi ile yaptığı görüşmede, aynı konuda bir ayrıcalık aranmamasını önerdi. Bulgar prensi ile yapılan görüşmelerde de bütün resmi kabullerde önceden belirlenen yerde durması bildirildi.
Ayrıca Paprikov, İstanbul'daki diplomatik temsilcisinden, sadrazama başvurmasını ve Osmanlı temsilcilerinin resmi kabullerde hazır bulunmadıklarından dolayı, iki ülke arasındaki diplomatik ilişkilere ne gibi zararlar verildiğinin anlatılmasını istedi. 1897'de İstanbul'a gönderilen Bulgar diplomatik temsilcilerine diplomatik ayrıcalık tanınmadığı gibi, Bulgar diplomatlarına sıradan herhangi bir memur muamelesi yapılıyordu. Örneğin, İstanbul'daki Bulgar maslahatgüzarı P. Dimitrov 10.3.1892 günü itimatnamesini sunarken, dışişleri bakanı kendisine, Bulgaristan'ın bunca düşmanı varken Osmanlı İmparatorluğu peyki olarak kalmasının, ülkesinin çıkarlarına daha uygun düşeceğini açıkça söyledi.
1897 yılında İstanbul'a gönderilen Bulgar diplomatik temsilcilerine uygulanan rejim geçici olarak yumuşadı. Bunun sebebi, Osmanlı-Yunan Savaşı'nın patlak vermesi ve II. Abdülhamit'in Bulgaristan'ın bu askerî çatışmada tarafsızlığını sürdürmesinden bir çıkar umması oldu. Padişahın emriyle, bayramlarda ve törenlerde İstanbul'daki Bulgar diplomatik temsilcileri saraya, kordiplomatik arasında davet edilmeye başlandı. Ancak Babıali eski yöntemlere dönülmesi için ısrar etmekteydi. 1897 Mayısında Bulgar maslahatgüzarı Dimitır Makarov Yıldız Sarayı'na davet edildi. Temmuz 1908'e kadar (II. Meşrutiyet) İstanbul'a gönderilen Bulgar diplomatları güçlükle koparılan bu ayrıcalıkları kaybetmemeğe dikkat gösterdiler.
Dışişleri Bakanı Paprikov 1.9.1908 tarihli notasıyla, başka ülkelerdeki Bulgar diplomatik temsilcilerine diğer diplomatlarla eşit muamele gösterildiğini, Geşov'u ise İstanbul'da bir peyk devlet temsilcisi olduğu gerekçesi ile saraya ve resmi şölenlere davet edilmediğinden Sofya'ya geri çağrıldığını bildirdi. Geşov'un yerine İstanbul Bulgar diplomatik temsilciliğinde, Nesterov memur olarak bırakıldı. Geşov olayından ve kendisinni geri çağrılmasından yararlanan Bulgar hükümeti, Bulgaristan'ın bağımsızlığının ilanına hazırlanmaya başladı. Tırnovo'da Ferdinand tarafından 22.9.1908 günü imzalanan Manifesto açıklanıp yayınlandı.
